B
分析：根据物理变化与化学变化的定义和本质区别判断，二者的本质区别：是否有其它物质生成．
解答：物理变化是指变化时没有生成其它物质的变化，化学变化是指变化时都生成了其它物质的变化．
A、苹果腐烂时有新物质生成，是化学变化，所以错误．
B、蜡烛熔化是石蜡由固体变成液体，没有生成新物质，是物理变化，所以正确．
C、生物呼吸是缓慢氧化的过程，是有机物与氧气反应生成其它物质的过程，属于化学变化，所以错误．
D、白磷自燃是磷与氧气反应生成了五氧化二磷，有新物质生成，是化学变化，所以错误．
故选B．
点评：化物理变化与化学变化是初中化学最基本的概念，是考查的热点之一，正确理解定义，明确二者的本质区别：是否有其它物质生成，是解题的关键所在．
