分析:A、根据决定元素的种类的是质子数或核电荷数进行解答;
B、根据具有相同核电荷数的同一类原子属于同种元素进行解答;
C、根据纯净物是由一种物质组成进行解答;
D、根据元素的化学性质取决于最外层电子数进行解答.
解答:解:A、决定元素的种类的是质子数或核电荷数,所以不同种原子的本质区别是质子数不同,故A正确;
B、具有相同核电荷数的同一类原子属于同种元素,而不是指微粒,例如水分子和氨分子具有相同核电荷数,但不属于同种元素,故B错误;
C、纯净物是由一种物质组成,所以由同种分子构成的是纯净物,故C正确;
D、元素的化学性质取决于最外层电子数,故D正确.
故选:B.
点评:此题考查了有关原子、元素的基本概念基本理论问题,涉及知识面较广,能考查学生基础知识的掌握能力.