B
分析：A、根据保持物质化学性质的粒子考虑；
B、根据分子和原子的区别考虑；
C、根据构成物质的微粒考虑；
D、根据原子的结构考虑，注意氢原子的特殊性．
解答：
A、分子是保持物质化学性质的一种粒子，它不能保持物质的物理性质；由分子构成的物质，保持物质化学性质的最小微粒是分子，由原子直接构成的物质，保持物质化学性质的微粒，就是原子，故A错；
B、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，原子是化学变化中最小的微粒，故B正确；
C、构成物质的基本微粒有分子、原子、离子，这三种微粒都可以直接构成物质，故C错；
D、构成原子的基本微粒是质子、中子和电子，但有的原子没有中子，如氢原子，故D错．
故选项为：B．
点评：解答本题关键是要知道分子和原子的特点、区别，了解构成物质的基本粒子．
