D
分析:化学式表示的意义:表示一种物质;表示该物质的组成元素;表示一个分子;表示一个分子由几个原子构成等.
解答:A、HPO4-表示1个磷酸氢根离子.故选项错误;
B、2HNO3表示2个硝酸分子.故选项错误;
C、CH4表示甲烷,甲烷由碳元素和氢元素组成,1个甲烷分子,1个甲烷分子由1个碳原子和4个氢原子构成.故选项错误;
D、HClO3表示氯酸,氯酸由氢元素、氯元素、氧元素组成,1个氯酸分子,1个氯酸分子由1个氢原子、1个氯原子和3个氧原子构成.故选项正确.
故选D
点评:本题主要考查化学式的含义,解答时要注意理解宏观组成和微观构成的区别.