分析：根据金属和大多数固态非金属单质等由原子构成，有些物质是由分子构成的，如水、气态非金属单质等，有些物质是由离子构成的，如氯化钠，进行分析判断即可．
解答：解：A、水是由水分子构成的；氢气属于气态非金属单质，是由氢分子构成的；故选项正确．
B、铁属于金属单质，是由铁原子直接构成的；氧气属于气态非金属单质，是由氧分子构成的；故选项错误．
C、二氧化碳是由二氧化碳分子构成的；铜属于金属单质，是由铜原子直接构成的；故选项错误．
D、氦气属于稀有气体非单质，是由氦原子直接构成的；水银是金属汞的俗称，是由汞原子直接构成的；故选项错误．
故选A．
点评：本题难度不大，主要考查了构成物质的微观粒子方面的知识，掌握常见物质的粒子构成是正确解答本题的关键．
