D
分析：A、根据物质的构成分析判断，分子、原子都能构成物质；
B、根据化学变化的实质分析；
C、根据原子的内部构成分析判断，电子的质量相对于中子和质子可以忽略；
D、根据原子的结构分析，注意排除特殊情况．
解答：
A、构成物质的三种微粒是：分子、原子和离子，说法正确；
B、在化学变化中，分子可以分成原子，而原子不能再分．说法正确；
C、原子是由居于原子中心的带正电的原子核和核外带负电的电子构成的，电子的质量相对于中子和质子可以忽略，故原子的质量主要集中在原子核上；说法正确；
D、原子核又是由质子和中子构成，氢原子比较特殊，只有一个质子，没有中子．说法错误．
故选D
点评：通过分子、原子、之间的关系和分子、原子的构成；了解常用物质的组成和物质的构成．
