C
分析：根据元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，决定元素种类的是质子数（即核电荷数），据此进行分析解答．
解答：元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，不同种元素最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，所以镧、钇原子的本质区别是质子数不同．
A、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），镧、钇原子的本质区别是质子数不同，不是电子数不同，故选项错误．
B、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），镧、钇原子的本质区别是质子数不同，不是中子数不同，故选项错误．
C、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），镧、钇原子的本质区别是质子数不同，故选项正确．
D、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），镧、钇原子的本质区别是质子数不同，不是相对原子质量不同，故选项错误．
故选C．
点评：本题难度不大，考查学生对元素的概念的理解和不同种元素之间的本质区别是质子数不同进行解题的能力．
