B
分析:根据构成物质的微粒种类结合其概念及性质对分子和原子相似性和根本区别进行分析解答即可.
解答:A、构成物质的微粒有分子原子和离子三种,所以A错误;
B、分子是保持物质化学性质的一种微粒,水是由水分子构成的,所以水分子是保持水的化学性质的最小粒子,故B正确;
C、化学变化中,分子可以成原子而原子不能再分,所以C错误;
D、分子、原子的种类很多,有的分子比原子大,有的分子比原子小,所以D错误.
故选B.
点评:本题主要考查了分子、原子的性质和特征,通过分子、原子的性质和特征的对比,了解分子、原子的根本区别与相似性是解题的关键.