D
分析：A、根据分子与原子不能笼统地比较大小判断．
B、根据物质的结构知识判断．
C、根据分子与原子的性质判断．
D、根据化学变化的实质和分子与原子的本质区别判断．
解答：A、分子与原子不能笼统地比较大小，只能说构成某分子的原子比该分子小，所以错误．
B、直接构成物质的粒子主要有三种：分子、原子、离子，分子和原子都能构成物质，所以错误．
C、分子和原子之间都有间隙，所以错误．
D、化学变化的实质是分子破裂成原子，原子再重新组合成新分子，即分子在化学变化中能再分，而原子不能，故原子和分子的根本区别是在化学变化中是否可分，所以正确．
故选D．
点评：本题主要考查分子和原子的知识，理解分子、原子的定义，了解分子、原子的性质及应用，明确二者之间的本质区别，是解题的前提．
