D
分析：A、根据化学变化的实质分析；
B、根据分子、原子、离子是构成物质的基本粒子进行解答；
C、根据分子、原子的构成分析；
D、根据水是由水分子构成的进行解答．
解答：A、在化学变化中，分子可以分成原子，而原子不能再分，此项正确；
B、构成物质的三种微粒是：分子、原子和离子，此项正确．
C、由分子构成的物质其物质的化学性质是由分子保持的，由原子构成的物质其化学性质是由原子保持的，此项正确．
D、水是由水分子构成的，而水分子是由氢原子和氧原子构成，而不能说水这种物质是由氢、氧两种原子直接构成，此项错误．
故选D．
点评：通过分子、原子、离子、元素与物质之间的关系和分子、原子的构成处理问题，了解原子和离子的转化方式．
