分析：根据纯净物是一种物质，从微观上分析只有一种分子构成，而混合物中至少含有两种物质来解答．
解答：解：A、自然界的水中含有水、二氧化碳等物质，则属于混合物，故A错误；
B、试剂瓶中的金属铜、锌、钙都是只有一种元素组成的物质，属于单质，也属于纯净物，故B正确；
C、过滤后的水只能除去不溶性的杂质，水中可能还含有可溶性矿物质，则属于混合物，故C错误；
D、可口可乐饮料中含有咖啡因、碳酸、糖、磷酸色素等物质，则属于混合物，故D错误；
故选B．
点评：本题考查物质类别的判断，学生应了解生活中常见的物质的成分是解答的关键，并能结合纯净物的概念从宏观和微观两个不同角度来分析．
