分析:A、根据分子与原子不能笼统地比较大小判断.
B、根据物质的结构知识判断.
C、根据分子与原子的性质判断.
D、根据化学变化的实质和分子与原子的本质区别判断.
解答:解:A、分子与原子不能笼统地比较大小,只能说构成某分子的原子比该分子小,所以错误.
B、直接构成物质的粒子主要有三种:分子、原子、离子,分子和原子都能构成物质,所以错误.
C、分子和原子之间都有间隙,所以错误.
D、化学变化的实质是分子破裂成原子,原子再重新组合成新分子,即分子在化学变化中能再分,而原子不能,故原子和分子的根本区别是在化学变化中是否可分,所以正确.
故选D.
点评:本题主要考查分子和原子的知识,理解分子、原子的定义,了解分子、原子的性质及应用,明确二者之间的本质区别,是解题的前提.