分析：化石是保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹．直接说明了古生物的结构或生活习性．因此化石是研究生物进化最重要的、最直接的证据．化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等．故研究生物进化最直接、最主要的证据是化石．
解答：解：A、模拟实验是在难以直接拿研究对象做实验时，采取模拟实验对象制作模型，或者模仿实验的某些条件进行的实验．关于生物进化难以再现，可采用模拟实验法，例如米勒实验．
B、比较是生物学研究中最常用、最重要的方法之一．此方法是根据一定的标准，把彼此有某种联系的事物加以对照，确定它们的相同和不同之处．
C、生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据等，化石是研究生物进化最直接、最主要的证据．
D、生物进化的研究需要科学的推测，凭空想象是站不住脚的．
故选：C
点评：生物学研究的内容包括生物的形态、结构、生理、分类、遗传和变异、进化、生态的科学
