B
分析：化石是由生物体的坚硬部分形成的，如植物茎的化石，动物的牙齿、骨骼、贝壳等的化石，有些化石则是生物体的印痕所形成的，如树叶的印痕化石，因此所有的化石都是生物的遗体、遗物（如卵、粪便等）或生活痕迹（如动物的脚印、爬迹等），由于某种原因被埋藏在地层中，经过若干万年的复杂变化而逐渐形成的．
达尔文把在生存斗争中，适者生存、不适者被淘汰的过程叫做自然选择．
解答：A、化石是保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹．直接说明了古生物的结构或生活习性．因此化石是研究生物进化最重要的、最直接的证据．故不符合题意；
B、始祖鸟化石，表明始祖鸟具有鸟类的特征，前肢特化为翼，已经具有羽毛，而且羽毛也有了分化，具有飞翔，并且掌骨和腕骨有了愈合；又具有爬行动物的特征，翼的末端有爪，口内有齿．始祖鸟化石最明显的特征是它的第二个脚趾可以过度伸展，与小盗龙、鸟脚龙等恐龙的脚部几乎一样；此外，始祖鸟的第一个脚趾向内生长，不像鸟类的脚趾那样向外伸展；而且它的颚骨向四方放射生长，有明显的兽脚恐龙遗传特征．科学家说，这具化石不仅显示出鸟类起源于兽脚恐龙．即鸟类是有爬行动物进化来的．故符合题意；
C、早期人类在使用天然工具的过程中，逐渐学会了制造工具．随着制造工具的越来越复杂，他们的大脑也变得越来越发达，并在群体生活中产生了语言，逐渐发展成现代的人类社会．工具的制造和使用促进了脑的发展，增加了脑容量，而脑的发展又提高了他们制造工具的能力；他们用火烤制食物，从而改善了身体的营养，有利于脑的发育，大大增强了他们在自然界中生存能力；语言的产生，使得相互之间能更好的交流与合作．在人类的进化过程中，劳动是一个重要因素．劳动是人类的身体得到协调发展，最终演变成自然界的强者．可见人类的进化过程中最显著的变化是脑容量的增加．故不符合题意；
D、达尔文认为，自然选择过程是一个长期的、缓慢的、连续的过程．由于生存斗争不断地进行，因而自然选择也是不断地进行，通过一代代的生存环境的选择作用，物种变异被定向地向着一个方向积累，于是性状逐渐和原来的祖先不同了，这样，新的物种就形成了．由于生物所在的环境是多种多样的，因此，生物适应环境的方式也是多种多样的，所以，经过自然选择也就形成了生物界的多样性．故不符合题意．
故选B
点评：解答此类题目的关键是灵活运用所学知识解释实际问题．
