解：比较法是通过观察，分析，找出研究对象的相同点和不同点，它是认识事物的一种基本方法，是研究动物行为的主要方法．亲缘关系越近，生物之间的相似性越大，细胞色素C的氨基酸组成差异越小．
（1）大多数生物都具有由104个氨基酸组成的细胞色素C，这说明这些生物之间都具有一定的亲缘关系，细胞色素C的氨基酸组成差异越小，表明它们的亲缘关系越近．
（2）通过上表数据的比较可知：人类与黑猩猩细胞色素C的氨基酸差异数最小是0，因此二者的亲缘关系最近；人类与酵母菌的细胞色素C的氨基酸差异数最大是44，因此亲人类与酵母菌的缘关系最远．
（3）上表数据是生物与人类的细胞色素C的氨基酸差异数组成比较．不是和金枪鱼的细胞色素C的氨基酸差异数组成比较，因此不能确定金枪鱼和那种生物的亲缘关系最近．
故答案为：
（1）亲缘关系；亲缘关系越近；
（2）黑猩猩；细胞色素C的氨基酸差异数最小为0；酵母菌；细胞色素C的氨基酸差异数最大44；
（3）不能确定．
分析：此题考查的知识点是人类与动物的亲缘关系．解答时可以从人类与动物的细胞色素C的差异方面来切入．
点评：解答此类题目的关键是提高学生接受信息、分析处理信息的能力．
