A
分析：生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据等，化石是指保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹；比较解剖学是对各类脊椎动物的器官和系统进行解剖和比较研究的科学，比较解剖学为生物进化论提供的最重要的证据是同源器官；胚胎学是研究动植物的胚胎形成和发育过程的科学，也为生物进化论提供了很重要的证据，如脊椎动物和人的胚胎早期都有鳃裂和尾，说明了脊椎动物和人是从某些古代的低等动物进化来的．
解答：化石是研究生物进化最重要的、最直接的证据，因为化石是保存在岩层中的古生物遗物和生活遗迹．直接说明了古生物的结构或生活习性．因此生物进化的直接证据是化石证据．因此，不同地层中的不同种类化石的比较、化石与现存生物的比较，都是研究生物进化的直接证据；现存不同生物的同一种蛋白质结果的比较，直接说明了生物之间的亲缘关系以及进化历程；不同地层的不同化学成分的比较不能说明生物进化历程．
故选A
点评：解答此类题目的关键是理解生物进化的证据．
