分析：生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因的多样性和生态系统的多样性．
解答：解：生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因的多样性和生态系统的多样性．每个物种都是一个独特的基因库，基因的多样性决定了生物种类的多样性，因此生物种类的多样性实质上是基因的多样性．保护生物多样性最为有效的措施是建立自然保护区，建立自然保护区是指把包含保护对象在内的一定面积的陆地或水体划分出来，进行保护和管理．又叫就地保护．
故答案为：基因；生态系统．
点评：解答此类题目的关键是理解生物多样性的内涵，明确生物种类多样性的实质是基因的多样性，建立自然保护区是保护生物多样性最为有效的措施．
