C
分析:在Rt△ABC中,根据勾股定理计算AC=

=

=4,易证得Rt△CAD∽Rt△CBA,根据相似三角形的性质得到CD:AC=AC:BC,即CD:4=4:5,即可求出CD.
解答:∵△ABC中,∠BAC=90°,AB=3,BC=5,
∴AC=

=

=4,
∵AD⊥BC,
∴∠ADC=90°,
而∠C公共,
∴Rt△CAD∽Rt△CBA,
∴CD:AC=AC:BC,即CD:4=4:5,
∴CD=

.
故选C.
点评:本题考查了相似三角形的判定与性质:有两组角对应相等的两个三角形相似;相似三角形对应边的比相等.也考查了勾股定理.