分析:根据特殊四边形的性质和判定方法进行分析判断.
菱形的对角线互相垂直平分,矩形的对角线互相平分且相等;有三个角是直角的四边形是矩形,既是矩形也是菱形的四边形是正方形.
解答:解:A、有一个角是直角的平行四边形是矩形,既是矩形,也是菱形,则是正方形.所以有一个角是直角的菱形是正方形正确;
B、三个角都是直角的四边形是矩形,而三个角相等的四边形不一定是矩形.故错误;
C、根据矩形的性质,知矩形的对角线互相平分且相等.故正确;
D、根据菱形的性质,知菱形的对角线互相垂直平分.故正确.
故选B.
点评:此题考查了特殊四边形的性质和判定.