CD
分析:根据题意画出图形,如图所示,AE为底边上的高,先由D为AC中点,得到AD=DC,根据BD将其周长分成两部分的差为3cm,分别表示出BD分三角形周长的两部分,相减等于3列出关于BC的方程,求出方程的解得到BC的长,然后再根据等腰三角形的“三线合一”得到E为BC中点,由求出的BC得到BE的长,再由AB的长,在直角三角形ABE中,根据勾股定理即可求出AE的长,即为所求.
解答:

解:根据题意画出图形,
如图所示,AB=AC=5cm,D为AC中点,AE⊥BC,
∵D为AC的中点,∴AD=DC=

=2.5cm,
根据题意得:(AB+AD)-(CB+CD)=3或(CB+CD)-(AB+AD)=3,
即(5+2.5)-(CB+2.5)=3或(CB+2.5)-(5+2.5)=3,
解得:BC=2cm或8cm,
当BC=2cm时,
∵AE⊥BC,AB=AC,
∴BE=CE=1cm,
在Rt△ABE中,AB=5cm,BE=1cm,
根据勾股定理得:AE=

=2

cm;
当BC=8cm时,
∵AE⊥BC,AB=AC,
∴BE=CE=4cm,
在Rt△ABE中,AB=5cm,BE=4cm,
根据勾股定理得:AE=

=3cm;
综上,底边上的高为2

cm或3cm.
故选C
点评:此题考查了等腰三角形的性质,以及勾股定理,要求学生借助图形,采用数形结合及分类讨论的思想,求出底边BC的长,同时注意因为没有指明周长分成两部分的长短,故BC求出有两解,不要遗漏.