分析:将各选项的坐标代入函数解析式y=-x2检验即可.
解答:解:A、当x=-3时,y=-x2=-(-3)2=-9,∴点(-3,9)不在该函数图象上;故本选项错误;
B、当x=9时,y=-x2=-92=-81,∴点(9,-3)不在该函数图象上;故本选项错误;
C、当x=3时,y=-x2=-32=-9,∴点(3,-9)在该函数图象上;故本选项正确;
D、当x=-9时,y=-x2=-(-9)2=-81,∴点(-9,3)不在该函数图象上;故本选项错误.
故选C.
点评:此题主要考查了二次函数图象上点的坐标特征,关键是把点的坐标代入函数关系式,满足关系式的则在此函数图象上,反之,则不在.