分析:分别根据对顶角相等、平行线的性质、三角形外角的性质对四个选项进行逐一判断即可.
解答:解:A、∵∠1与∠2是对顶角,∴∠1=∠2,故本选项错误;
B、若两条直线平行,则∠1=∠2,若所截两条直线不平行,则∠1与∠2无法进行判断,故本选项正确;
C、∵∠1是∠2所在三角形的一个外角,∴∠1>∠2,故本选项正确;
D、∵已知三角形是直角三角形,∴由直角三角形两锐角互余可判断出∠1=∠2.
故选C.
点评:本题考查的是对顶角相等、平行线的性质、三角形外角的性质及直角三角形的性质,熟知以上知识是解答此题的关键.