分析:根据梯形、等腰梯形的性质及判定即可得到答案.
解答:解:A、只有一组对边平行的四边形是梯形,符合梯形的定义,故此选项不符合题意;
B、只有一组对边相等的梯形是等腰梯形,符合等腰梯形的定义,故此选项不符合题意;
C、对角线互相垂直且相等,但不互相平分的四边形不是菱形、矩形、正方形,因为这三种四边形的对角线都互相平分.故此选项符合题意;
D、在直角梯形中有且只有两个角是直角,符合直角梯形的定义,故此选项正确.
故选C.
点评:本题考查了梯形及等腰梯形、直角梯形的判定及性质,解题的关键是熟练掌握他们的性质及判定方法.