根据2003年长江泥沙公报，洞庭湖2003年输沙量实测资料显示，入湖年输沙量0.383亿吨，其中0.205亿吨来自长江三口，0.178亿吨来自四水。由城陵矶注入长江的年输沙量0.175亿吨。由输沙平衡法计算，2003年洞庭湖湖区淤积量0.208亿吨，比多年平均（1956～1995年）泥沙淤积量1.24亿吨减少1.03亿吨。

湖泊洲滩是洞庭湖湿地的标志性景观，也是各种野生动物的重要活动、觅食场所。在我国流行历史已久且分布范围广泛的血吸虫病是一种人畜共患的地方性寄生虫病。钉螺是日本血吸虫的唯一中间宿主易孳生在杂草丛生冬陆夏水的湿地型环境。洞庭湖区具有广阔而适宜钉螺孳生的洲边滩、加之湖泊泥沙淤积严重洪涝灾害频繁从而使得洞庭湖成为目前我国钉螺分布最广且最难防治的疫区。

上世纪90年代末，当时粮价低迷，湖区土地大量弃耕抛荒，一些地方政府为“调整结构”鼓励农民大种杨树。洞庭湖区目前种植的杨树绝大部分是耐水速生型意大利杨和美国黑杨。